Vulgarisation Scientifique des résultats de la recherche sur le SIDA / VIH

Lettre bimensuelle n° 67 (16-31 Octobre 2011)


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Les jeux en ligne contre le SIDA

On cherche depuis de nombreuses années à connaître la structure d’une protéine du virus de singe Mason-Pfizer (M-PMV) 1, proche de la protéase du VIH. Après plusieurs échecs, des chercheurs ont sollicité des joueurs en ligne de Foldit (ce jeu existe depuis 2008). Des joueurs par équipe, dont la plupart n’ont pas de culture scientifique, recherchent la structure en 3D de protéines afin de trouver la plus proche possible de la forme finale à partir d’éléments fournis par les chercheurs. Curieusement, l’ingéniosité de nombreux joueurs amateurs non-scientifiques permet en effet de résoudre des problèmes de prédiction de structures de protéines complexes ne pouvant pas être résolus par les moyens informatiques. La prestigieuse revue scientifique Nature avait déjà consacré en 20102 un article sur la manière dont ce jeu avait permis de révéler plusieurs structures de protéines qui échappaient aux scientifiques. La structure complexe de la protéine du M-PMV non résolue par les chercheurs vient de la même façon d’être découverte.

le jeu en ligne foldit

Les protéases ont en effet un rôle essentiel pour la maturation et la prolifération des virus et sont ainsi des cibles de choix dans le développement de drogues antirétrovirales. Ces protéases doivent s’associer deux à deux3 pour fonctionner correctement. Mais, depuis plusieurs décennies, aucun scientifique n’a pu décrire leur structure. Les équipes ont alors donné rapidement plusieurs solutions permettant une résolution de la structure cristalline de la protéase du M-PMV. Plusieurs joueurs ont proposé des modèles révolutionnaires : le modèle de départ (rouge) a rapidement été amélioré (en jaune) par un premier joueur grâce à l’outil mis en place. Ensuite, un second coéquipier a amélioré le cœur  de celle-ci (magenta). Finalement un dernier a encore augmenté sa précision en modifiant les extrémités de la protéine (vert).
Grâce à ces propositions, on remarque un réarrangement considérable au niveau du corps de la protéine avec des extrémités entièrement désordonnées. Ce travail pourrait permettre de grandes avancées pour la conception de médicaments antirétroviraux. De plus, il montre la puissance des jeux en ligne pour canaliser l'intuition humaine.

determination structure protease par joueurs

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Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. Khatib F, Dimaio F; Foldit Contenders Group; Foldit Void Crushers Group, Cooper S, Kazmierczyk M, Gilski M, Krzywda S, Zabranska H, Pichova I, Thompson J, Popović Z, Jaskolski M, Baker D. Nat Struct Mol Biol. 2011 Sep 18;18(10):1175-7.
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Références :

1 Virus provoquant une forme de SIDA chez le singe.
2 Predicting protein structures with a multiplayer online game. Cooper S and col. Nature. 2010 Aug 5;466(7307):756-60.
3 Sous forme de dimères.


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