Vulgarisation Scientifique des résultats de la recherche sur le SIDA / VIH

Lettre bimensuelle n°51 (16-31 janvier 2011)


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Vers un modèle de la capside

A l’intérieur des virus, on trouve un compartiment conique qui renferme le génome appelé la capside. Il est formé d’environ 250 composés de forme hexagonale (hexamères) et de 12 de forme pentagonale (pentamères) permettant de fermer la structure à chaque extrémité : 5 à l’extrémité la plus étroite, 7 à l’extrémité la plus large. On connaît aujourd’hui la structure de chacun de ces composants et on peut ainsi modéliser la capside dans son ensemble.
Des chercheurs viennent en effet de décrypter la structure de ces composants. Ils ont identifié, il y a deux ans, la structure des hexamères et les différentes liaisons de ces éléments au sein de la capside. Ces dernières révèlent le rôle important de l’interface intramoléculaire dans la stabilisation de l’édifice1. La structure générale de la capside se présente néanmoins comme une mosaïque. En effet, chaque hexamère se présente comme « une fleur sans bouton » contenant 6 protéines de capside (CA), « ses pétales ». Chaque protéine est constituée quant à elle de 2 domaines, les domaines C-terminal (CTD) et N-terminal (NTD), reliés entre eux par une boucle flexible.
Jusqu’alors, la structure globale de la capside ne pouvait être déterminée sans connaitre les pentamères. Récemment, selon la même méthode, ces chercheurs se sont concentrés sur la structure spatiale des pentamères. Ils ont ainsi découvert que les assemblages des hexamères et des pentamères sont quasiment équivalents. Ils nécessitent ensuite un réarrangement minutieux pour se lier au sein de la capside. Ils ont également montré qu’il faut deux types de rotation entre les corps « rigides » de cette capside pour permettre ce réarrangement. Cet assemblage semble contrôlé par des interactions électrostatiques

modèle de la structure capside du vih

Alors qu’il n’est pas encore possible d’obtenir directement la structure de la capside virale, on peut la modéliser à partir de la connaissance de ses éléments. La capside serait ainsi composée de 1056 protéines CA et présenterait un changement de courbure continu grâce aux flexions des interfaces NTD-CTD. On pense que les pentamères accentuent les changements de courbure de certaines zones.

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Atomic-level modelling of the HIV capsid. Pornillos O, Ganser-Pornillos BK, Yeager M. Nature. 2011 Jan 20;469(7330):424-7.
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Références :

1 Voir lettre SIDABLOG n°19.


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