Visualisation du chaînon manquant des capsides des rétrovirus

Tous les rétrovirus possèdent une capside qui est l'élément principal de la structure de la particule. Elle contient et protège l'information génétique du virus présent sous forme de deux brins d'ARN identiques.
Les capsides des rétrovirus peuvent avoir des formes diverses (celle du VIH ressemble à un dé à coudre) mais elles sont toutes composées de plusieurs dizaines de sous-unités protéiques identiques qui s'assemblent sous forme d'hexamères (par six) ou de pentamères (par cinq). Si la structure en hexamères de ces sous-unités est bien caractérisée, les scientifiques n'avaient toujours pas réussi à les observer sous formes pentamériques.
C'est chose faite depuis que des scientifiques américains ont analysé la capside du virus du Sarcome de Rous, un rétrovirus qui cause des tumeurs chez le poulet. Pour cela, ils ont réussi à assembler in vitro des capsides puis, les ont analysées par une technique appelée cryo-microscopie électronique. Brièvement, il s'agit de refroidir très rapidement des échantillons purifiés de la molécule étudiée, puis de les observer à très haute résolution. Ils ont ainsi pu mettre en évidence que les sous-unités présentes dans les pentamères ou les hexamères étaient très proches, tant au niveau de leur forme que de leur composition chimique. De plus, celles-ci sont quasiment identiques à celles retrouvées chez le VIH.
La différence entre hexamères et pentamères viendrait en fait des interactions entre ces sous-unités. En effet, chaque sous-unité protéique peut interagir avec une autre par ses deux extrémités (appelées NTD et CTD), ce qui permet trois types d'interactions (CTD-CTD, NTD-CTD et NTD-NTD). C'est la combinaison de ces interactions qui déciderait de l'assemblage en hexamères ou pentamères.
Ces découvertes contribuent à la compréhension de la structure et de la fonction des capsides des rétrovirus. Leurs assemblages étant nécessaires à la réplication du virus, ces recherches peuvent contribuer à la mise en place de nouveaux traitements antiviraux.

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Cardone G, et al. Visualization of a missing link in retrovirus capsid assembly.Nature. 2009 Feb 5;457(7230):694-8.

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